Το Τμήμα οργανώνει και φιλοξενεί επιστημονικά συνέδρια, συμπόσια και εργαστήρια σε τακτά χρονικά διαστήματα, με στόχο να προωθήσει την επιστημονική έρευνα και να ενισχύσει τη διεθνή και διεπιστημονική συνεργασία. Σε αυτό το πλαίσιο, συνδιοργανώνει, σε συνεργασία με τις αρχαιολογικές υπηρεσίες της Κρήτης, την επιστημονική συνάντηση «Αρχαιολογικό Έργο στην Κρήτη». Η συνάντηση αυτή, που γίνεται ανά τρία χρόνια και παρουσιάζει την εξέλιξη της πρόσφατης αρχαιολογικής έρευνας σε όλη την Κρήτη, καλύπτει ένα τεράστιο χρονικό φάσμα, από τους προϊστορικούς μέχρι και τους νεώτερους χρόνους. Μία απο τις σημαντικές διοργανώσεις του τμήματος αποτέλεσε, επίσης, και το Εργαστήριο για την αρχαιολογική έρευνα στη Μεγάλη Ελλάδα “Το αφήγημα του ελληνικού αποικισμού στην κάτω Ιταλία: άποικοι και γηγενείς (Πιθηκούσες, Κύμη, Μεταπόντιο, Φερραντίνα)”.